โรงเรียนบ้านนํ้าดำ ตัํงขึํนเมื่อวันที่ 26 มิถุนายน พ.ศ. 2485 เดิมชื่อโรงเรียนบ้านปะลูกาลูวัส

ตัํงขึํนโดยราษฎรได้สละที่ดินจ้านวน 2 ไร่ โดยมีนายเปาะจิ ก้านันต้าบลนํ้าดำร่วมกับราษฎรได้ช่วยกันจัดหาไม้ เสาสร้างเป็นอาคารชั่วคราว หลังคามุงจาก ขนาดกว้าง 5 เมตร ยาว 10 เมตร ใช้ฝาไม้ไผ่ขัดแตะเป็นอาคารเรียนชั่วคราวอยู่ประมาณ 20 กว่าปี

ต่อมาเมื่อวันที่ 17 พฤษภาคม พ.ศ. 2505 ได้ย้ายจากหมู่ที่ 2 มาสร้างโรงเรียนหลังใหม่ที่หมู่ที่ 1 โดยการแลกเปลี่ยนกับที่ดินของนายเปาะ วาแม็ง และได้ช่วยกันจัดหาเสาไม้มาสร้างเป็นอาคารเรียนชั่วคราวหลังคามุงจาก ขนาดกว้าง 6 เมตร ยาว 15 เมตร ฝาเป็นไม้ไผ่ขัดแตะ เปิดสอนตัํงแต่ชัํน ป.1 – ป.4 มีจ้านวนนักเรียนปีละ 60 - 70 คน ในปีงบประมาณ 2507 ได้รับงบประมาณในการสร้างอาคารเรียน 1 หลัง ขนาด 2 ห้องเรียน เป็นเงิน 60,000 บาท สร้างเสร็จเรียบร้อยเมื่อวันที่ 1 มกราคม พ.ศ. 2508 โดยมีนายถัด กูลเกืํอเป็นครูใหญ่

ต่อมาเมื่อวันที่ 17 พฤษภาคม 2518 ได้เปลี่ยนชื่อโรงเรียนบ้านปะลูกาลูวะ เป็นโรงเรียนบ้านนํ้าด้าและได้ใช้ชื่อนีํมาจนถึงปัจจุบัน

ในปี พ.ศ. 2557 ได้รับงบประมาณในการสร้างอาคารเรียนแบบ สปช. 105 / 29 (ปรับปรุง 2 ชัํน 8 ห้องเรียน) เป็นเงิน 4,013,100 บาท ได้รับงบจัดสรรอาคารเรียนทดแทนกรณีโรงเรียนถูกลอบวางเพลิง ก่อสร้างโดย กองพันทหารช่างที่ 15 ต. บ่อทอง อ. หนองจิก จ. ปัตตานี เป็นเงิน 6,856,090 บาท

ปัจจุบันโรงเรียนบ้านนํ้าด้ามีพืํนที่ 5 ไร่ 2 งาน 40 ตารางวา มีอาคารเรียน 3 หลัง 20 ห้องเรียน อาคารประกอบ 3 หลัง ส้วม 5 หลัง 14 ห้อง จัดการเรียนการสอนตัํงแต่ ระดับชัํนอนุบาลจนถึง ระดับชัํนมัธยมศึกษาตอนต้น